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来自加州大学圣地亚哥分校(UCSD)和其他地方的科学家描述了一种比传统血培养更快、更准确地检测血源性病原体的方法。这种方法被称为数字DNA熔解分析,可在6小时内得出结果,比传统培养方法短得多,传统培养方法可能需要15小时到几天,具体取决于病原体。
《分子诊断杂志》一篇题为“用于诊断菌血症的通用数字高分辨率熔解分析”的论文提供了该方法的详细信息以及临床试验使用儿科患者血液样本得到的结果。试点研究的结果表明,他们的DNA熔解方法与为脓毒症测试收集的血培养结果相匹配。他们还能够利用DNA熔解来量化样本中存在多少病原体。
测试方法依赖于通用数字高分辨率DNA熔解(U-dHRM),其中DNA被加热直至分裂(大约120至190度),然后进行分析。每个序列在解链过程中都有特定的特征,可以用特殊的染料检测到。该染料使解绕过程发出荧光,形成熔解曲线——每种病原体的独特特征。
这些特征通过机器学习算法进行分析,确定存在的DNA类型并识别存在的病原体。具体来说,该算法可以通过将曲线与已知DNA熔解曲线数据库进行匹配,可靠地检测病原体熔解曲线与背景噪声之间的差异。它还能够检测不在此数据库中的生物体创建的曲线,如果样本中包含罕见或新出现的病原体,则这些曲线可能会出现在样本中。
目前的研究标志着“首次对疑似败血症患者的全血进行了测试。因此,这项研究更现实地预览了该技术如何在真实的临床场景中发挥作用,”该论文的资深作者、加州大学圣地亚哥分校生物工程系教授StephanieFraley博士说。
脓毒症相关并发症占全球死亡人数的五分之一。其中约41%的死亡发生在儿童身上。早期发现对于脓毒症生存至关重要,因为随着感染未得到诊断或治疗不当,死亡风险会迅速上升。医生通常在等待血培养结果的同时用抗生素治疗败血症病例。
“底线是,我们没有根据证据进行治疗,”弗雷利说。“我们越是在没有证据的情况下进行治疗,就越可能引起意想不到的问题。有时,我们用抗菌药物治疗患有真菌或病毒感染的患者。这可能会导致抗生素耐药性并显着改变患者的微生物组。”
在试点项目中,研究人员从17名婴儿和幼儿身上采集了1毫升血液以及血培养样本进行比较。DNA熔解的结果不仅与血培养的结果相匹配,而且还与血培养的结果相匹配。与依赖核酸扩增和下一代测序的其他类型的测试相比,该方法产生假阳性的可能性也小得多。
Fraley实验室前博士生、该论文的作者之一MriduSinha表示:“我们的测试结合了样品制备过程、检测设计技术和算法,确保我们只检测来自完整生物体的DNA,这与临床相关。”著名的。
对于下一步,研究人员计划进行更广泛的临床研究,并将该方法扩展到成年患者。此后,Fraley和Sinha获得了UCSD的U-dHRM技术许可,并共同创立了初创公司Melio,将其商业化。他们计划首先对新生儿进行检测。
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