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RNA(核糖核酸)编辑是在RNA水平上维持编码蛋白质基本功能的重要过程。最近的研究表明,RNA编辑是一种广泛存在的现象,发生在各种陆生植物中,包括地钱、苔藓、金鱼藻、石松、蕨类植物和开花植物。然而,除蕨类植物外,几乎没有关于类群内和类群间叶绿体RNA编辑的比较研究。
为了更好地了解植物叶绿体中的RNA编辑,中国科学院武汉植物园的研究人员选择了代表三个遥远进化枝(蕨类植物、裸子植物和被子植物)的不同植物物种,并确定了数千个基于RNA-seq数据量。该研究已发表在《植物系统学与进化》杂志上,标题为“三个主要植物进化枝叶绿体转录物中RNA编辑的多样性”。
结果显示,经过严格筛选,共有5203个编辑位点位于21个物种的叶绿体基因中。RNA编辑位点数量的聚类关系与基于基因序列的系统发育树大致吻合,证实RNA编辑在整个植物界相对保守,大致遵循进化规律。
编辑位点的数量随着植物的进化而减少,并且对于每个进化枝而言,编辑事件在早期分化植物中发生的频率高于晚期分化植物,这表明RNA编辑可能同时发生在来自不同进化枝的早期分化植物中,并在进化过程中遭受了巨大损失.
此外,还探讨了三个方面(密码子位置、物种和编辑基因)的编辑水平分布。结果发现,平均RNA编辑水平在21个物种和基因中差异很大,最低的是卷柏(Selaginellamoellendorffii)的0.42,最高的是atpA基因(ATP合酶α亚基基因)的0.88。本研究中检测到胞嘧啶含量随着进化而降低,进一步表明基因组序列的情况是后期分枝植物编辑损失的重要驱动因素。
这些结果揭示了三个主要植物进化枝叶绿体转录物中RNA编辑的多样性,研究中许多已识别的位点以前没有报道过,这将有助于理解植物中RNA编辑的神秘本质。
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