杨梅(Myrica rubra)是一种亚热带水果，因其独特的风味、营养价值和经济价值而备受推崇。然而，之前的基因组组装缺乏序列连续性，阻碍了全面的遗传学研究。由于这些挑战，有必要对影响杨梅果实品质的遗传因素进行详细研究。

国家农产品质量安全生物化学威胁管理重点实验室的研究人员取得了重大发现。他们的研究成果于 2024 年 1 月 30 日发表在《园艺研究》上，详细介绍了栽培品种“早佳”的 T2T 参考基因组的组装以及揭示影响杨梅果实品质的遗传因素的全基因组关联研究(GWAS)。

该研究利用 PacBio HiFi 长读长序列为“早佳”杨梅品种组装了一个 292.60 Mb 的 T2T 基因组，显著提高了基因组的连续性。研究人员鉴定了 6,649,674 个单核苷酸多态性(SNP)，并对 173 个种质进行了 GWAS，将 1,937 个 SNP 与 1,039 个与 28 种果实品质性状相关的基因联系起来。值得注意的是，发现 6 号染色体上的一个 SNP 簇可以调节果实的颜色，涉及两个 MYB 基因和一个可增加花青素产量的 MLP 样蛋白基因。

这项研究为未来的杨梅育种计划提供了全面的遗传资源，重点关注果实颜色、大小和营养成分等性状。

首席研究员张树文博士表示：“此次成功组装中国杨梅无间隙参考基因组，为遗传研究和育种开辟了新途径。我们对果实品质性状遗传决定因素的发现将大大提高育种计划的效率，从而培育出颜色、大小和营养成分更佳的杨梅品种。”

该参考基因组的完成和关键遗传变异的鉴定对杨梅育种和栽培具有深远意义。从这项研究中获得的遗传见解将有助于开发针对性育种的分子标记，从而选择优良果实性状。

最终，这项研究将有助于生产高品质的杨梅，使生产者和消费者都受益。研究结果还为研究其他相关物种提供了宝贵的遗传资源，推动了园艺基因组学领域的发展。

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