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借助人工智能,科学家可以设计出越来越复杂的小分子结构。自动化对于将这些化合物从屏幕上的设计转化为可以测试的实际分子并有望开发成新的治疗方法和疗法至关重要。DeepCure希望通过其新推出的药物发现自动合成平台InspiredChemistry在这方面有所作为。
本周早些时候,该公司分享了使用该平台进行概念验证研究的结果,该平台专注于合成蛋白酶抑制剂尼玛瑞韦(Paxlovid)并设计和合成该药物的另外56种类似物。他们声称,合成产生了30毫克纯度为98%的正确Paxlovid立体异构体,以及1毫克规模的56种类似物。据该公司称,这些功能非常适合需要从命中中快速生成多样化和复杂化学物质或探索先导分子周围大化学空间的药物发现项目。
DeepCure首席执行官KfirSchreiber表示:“我们正处于药物研发的新黄金时代,有令人兴奋的机会来识别具有新机制和靶标类别的小分子。自动化合成对于快速且经济高效地测试数千种分子以探索不同的化学空间、了解新的结构-活性关系以及优化功效和安全性至关重要。”
但将自动合成应用于药物研发只是InspiredChemistry的一个潜在用例。DeepCure首席技术官ThrasKarydis表示,该技术可以用于“从OLED显示器到更安全的家用和农产品”等一系列其他应用。
使用人工智能和机器人进行自动合成
DeepCure总部位于波士顿,由麻省理工学院的科学家于2018年创立,旨在开发一个AI平台,用于识别针对炎症和自身免疫性疾病的棘手靶点的新药。他们很早就意识到,充分利用基于AI的药物发现的一大障碍实际上是人。
Karydis在接受GEN采访时表示,对于多步骤合成项目,药物研发界的许多人仍然依赖一些手动合成来生成化合物。随着人工智能在发现过程中越来越根深蒂固,这种方法是不可扩展的。基于人工智能的解决方案可以生成数百种设计,但科学家可能只能手动合成其中的少数几种,这导致他们优先考虑最简单的设计,而不是最有效的设计。
ThrasKarydis,DeepCure首席技术官
作为一家打算开发自己的AI设计药物渠道的年轻初创公司,“我们必须建立一种适合自己的解决方案,”Karydis解释道。InspiredChemistry能够合成“可以推动我们内部发现计划”的分子。
InspiredChemistry的底层技术结合了化学自动化、软件和流程设计等技术。除了用于设计小分子的基于AI的软件外,该平台还集成了药物发现工作流程中使用的现成仪器和机器人,包括液体处理器、MS触发的纯化仪器、开盖器、振荡器等。
Karydis表示,InspiredChemistry目前可以运行大约28种不同类型的反应。“我们还建立了一个称为自动反应开发的过程,这使我们能够确定合成这些分子的正确条件。”该公司还在收集有关药物合成反应最佳条件的数据。“我们使用机器人进行这项工作使我们能够为每种反应类型生成一致的数据,并开始构建一个数据库,我们可以使用该数据库来训练模型以优化反应条件。”
该系统的输出是可以在各种分析中测试的小分子列表。需要注意的是,“这不是另一种组合化学[解决方案],也不是牺牲化学多样性来创造吞吐量的尝试,”他说。Paxlovid是概念验证研究的完美测试解决方案,因为它具有六个手性中心,需要10个合成步骤,包括五个纯化步骤。
Karydis认为,DeepCure平台的自动化化学方法使该公司在日益饱和的基于AI的药物发现市场中脱颖而出。“化学是其中最大的瓶颈之一,”他说。在他看来,其他AI药物发现公司可以从将自动化化学应用于他们的药物项目中受益,“我们非常愿意合作解决这个问题。”
成功合成Paxlovid及其类似物证明了DeepCure能够使用全自动流程递送复杂化合物。“通常,合成多个步骤非常具有挑战性,这对于[制造]足够复杂以成为药物非常重要,而不仅仅是简单的起点。我们能够制造出一种非常复杂的分子。”
除了进一步实现自己的药物发现目标外,在未来6到12个月内,DeepCure还计划与早期合作伙伴合作,这些合作伙伴有兴趣在该公司位于圣地亚哥的工厂对InspiredChemistry进行测试。Karydis说:“我们专注于寻找来自生物技术、制药甚至学术界的合作伙伴,以推动化学研究的边界。”该公司还提交了多项专利申请,以保护其平台的各个方面,包括他们使用的软件和流程。
该公司还在继续为InspiredChemistry添加新功能,包括添加更多类型的合成反应。DeepCure希望到2025年底能够运行多达100种反应。他们还在加强软件和仪器之间的集成。
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