已发表多项研究将表观遗传机制与癌症、自身免疫性疾病以及衰老等生物过程的基因功能联系起来。随着EpiFinder系列产品的发布，新成立的初创公司Epigenica希望提高科学家从表观基因组中获取和提取见解的能力。

本周，这家总部位于瑞典索尔纳的公司宣布推出EpiFinder平台，这是其专利的高通量、多路复用、定量ChIP-seq技术平台。该公司还推出了其旗舰产品和同类首款商业化试剂盒EpiFinderGenome。据该公司介绍，该试剂盒可用于针对多达8种常见和罕见标记，包括多达24个样本或独立重复中的DNA甲基化标记。它比目前市场上一些只能针对一个标记分析一个样本的试剂盒要好得多。该公司还声称，其技术可以在进行192次并行ChIP-seq实验所需时间的一小部分内生成多达192个全基因组图谱。

Epigenica首席执行官兼联合创始人MohamadTakwa博士在描述此次发布时表示：“这些技术的开发是我们团队真正热爱的劳动，标志着Epigenica的一个重要里程碑，因为我们正在推进我们的使命，为快速发展的表观遗传学领域带来前所未有的规模、速度和可负担性。”

卡罗琳斯卡医学院副教授BjörnReinius专注于X染色体失活的研究，他对EpiFinderGenome进行了beta测试，他表示，该试剂盒非常适合之前使用ChIP-seq或类似方法获取高质量ChIP-seq数据经验有限的研究人员。

表观基因组的民主化

大约七年前，Takwa结识了Epigenica联合创始人兼首席战略官SimonElsässer博士，当时他们都在从事一个医疗技术项目。四年前，Elsässer主动联系他们，讨论一个表观遗传分析项目的想法，他们再次联系上了。

Takwa告诉GEN，他们最终决定合作创立Epigenica，将他们研究的技术商业化。他们认为市场需要一种能够使表观遗传分析民主化并大规模生成定量数据的技术，因此做出了这一决定。

虽然EpiFinderGenome是他们推出的第一款产品，但Epigenica团队计划最终提供一系列试剂盒，这些试剂盒可提供高测序深度的全基因组细节以及基于低深度测序的全局定量。Takwa表示，该公司生产的所有产品都将能够以比目前使用黄金标准试剂盒更低的价格生成表观遗传数据。事实上，Epigenica的吞吐量和多路复用能力是该公司相对于市场上其他参与者的主要优势，他说。“此外，这种规模也使我们真正拥有价格优势，[因为]当您同时进行许多分析时，您可以降低价格和时间。”

Epigenica平台的核心是两项专有技术——其hmqChIP-seq技术和其带编码适配器的连接敏感扩增(LACODE)设计和条形码技术，该公司声称这大大改进了当前的DNA条形码方法。Takwa解释说，它通过避免形成二聚体(两个适配器相互结合导致背景噪音增加)来实现这一点。使用LACODE技术，只有成功结合到DNA的条形码才会被翻译，而所有其他条形码都会被消除。与当前方法相比，这既降低了背景噪音，又提供了更高的特异性。

这两项技术均由卡罗琳斯卡医学院开发。该技术的早期版本细节于2019年发表在CellPress上。该论文描述了他们的ChIP测序技术在量化小鼠胚胎干细胞组蛋白修饰模式中的应用。除了试剂盒外，Epigenica还开发了一款开源、定制设计的软件，用于分析使用EpiFinderGenome生成的数据。该公司分析流程的细节在2022年的一篇bioRxiv论文中分享。在论文中，科学家们描述了一种用户友好的工作流程，用于将原始测序文件转换为标准化数据，以进行定量下游分析。Takwa补充说，该公司还在筹备其他出版物。

该试剂盒的主要目标市场是生物医学研究实验室的科学家以及开发针对表观基因组药物的制药公司。其他客户包括从事衰老和长寿研究的科学家。客户现在可以从Epigencia购买EpiFinder基因组试剂盒。每个试剂盒都附带准备测序样本的说明。Takwa表示，目前，客户必须自己进行测序，但Epigenica计划开始提供测序服务，以支持内部没有能力的客户。目前，一旦客户生成了数据，他们就可以将其上传到公司的分析流程中，该流程将测序数据转换为表观遗传读数。

除了提供测序服务外，Epigenica还计划在不久的将来为Epifinder系列添加新产品。所有产品都将共享一些功能，包括高通量、多路复用功能以及访问公司的数据分析工具。但每种产品都将提供不同级别的分析或将针对不同的起始材料(例如液体活检)进行优化。

即将推出的产品包括一款名为EpiFinderGlobal的产品，Takwa表示，这将是首个ChIP-seq全局分析技术。它将提供比现有技术更高的吞吐量和更多的多路复用能力。另一款即将推出的产品是EpiFinderc-Nuc，它将是一款用于从血液中循环核小体捕获数据的全基因组分析试剂盒。这两款产品都应该在2025年初上市。

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