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生物多样性丧失是地球面临的最令人担忧的问题之一。栖息地退化、资源过度开发、气候危机和入侵物种是威胁生物物种丰富度和多样性的一些因素。
生物的快速和渐进式消失——一些专家称之为第六次大规模灭绝——将造成生态系统的严重失衡,改变生态循环和物种间的关系,影响包括人类在内的所有生命形式。
对地球上所有植物、动物和真菌(已知约200万种)的基因组进行测序,以保护我们所知的生物多样性:这是地球生物基因组计划(EBP)的目标,该计划将表征地球不同地区物种的基因组生物多样性。
加泰罗尼亚地球生物基因组计划(CBP)倡议也参与了这一国际项目,该项目将对加泰罗尼亚语地区(安道尔、北加泰罗尼亚、巴利阿里群岛、巴伦西亚自治区和加泰罗尼亚公国)的真核生物物种(即具有确定细胞核的细胞)的基因组进行测序。
现在,《NAR基因组学和生物信息学》杂志上的一篇文章报道了CBP项目。
文本的主要作者是UB生物学院、UB生物医学研究所(IBUB)和加泰罗尼亚研究所(IEC)的MontserratCorominas教授,以及基因组调控中心(CRG)、庞培法布拉大学(UPF)和IEC的RodericGuigó教授。NARGAB文章明确引用了加泰罗尼亚语翻译,该翻译可在Zenodo数据库中找到。
测序基因组以保护物种
了解生物的基因组对于设计工具和策略以帮助最大限度地减少甚至扭转生物多样性的丧失和物种的灭绝至关重要。欧洲大陆已知物种的四分之一都位于加泰罗尼亚语地区,那里的生物多样性水平很高,特有物种丰富,其中许多物种受到全球气候变化的严重威胁,这可能会对地中海盆地产生重大生态影响,尤其是在淡水生态系统和山区。
“加泰罗尼亚地球生物基因组计划(CBP)倡议的伟大成就之一是,它能够鼓励来自生物学领域不同学科的科学家,而他们在这些领域传统上是彼此独立工作的。
布法罗大学遗传学、微生物学和统计学系教授、REGnetREG研究小组负责人蒙特塞拉特·科罗米纳斯(MontserratCorominas)表示:“这有利于跨学科研究,这对于科学进步至关重要。”
获取地球上所有物种的基因组“可能是科学史上最重要的项目,也是人类历史上最重要的项目之一。了解这些基因组将以前所未有的分辨率提供对生物过程的认识。
“所有这些知识将对医学、农业、生物技术等领域以及许多越来越依赖生物过程的工业过程产生我们甚至无法想象的影响。
“因此,这一科学里程碑对于生物经济的发展至关重要,即顺应自然而不是违背自然发展的经济,”基因组调控中心(CRG)计算生物学和健康基因组学研究项目负责人专家RodericGuigó强调说。
巴利阿里海燕:保护参考基因组
生物学家、植物学家、动物学家、遗传学家、生物信息学家、微生物学家、生态学家和其他专家都为这项调查做出了研究贡献,目前该调查的目标是对76个物种的基因组进行测序。
PBC试点阶段于2020年夏季开始,在试点阶段,我们创建了加泰罗尼亚真核生物物种的数字化目录,其中包括鲜为人知的物种,例如淡水鞭毛虫(Singekiamontserratensis);稀有、特有或难以找到的物种,例如加泰罗尼亚盲蝎(Belisariusxambeui),或那些被认为是新兴生物模型的物种,例如壁蜥(Podarcismuralis)。
还将提供濒危物种的基因组,例如欧洲最濒危的两栖动物蒙塞尼溪蝾螈(Calotritonarnoldi)或红珊瑚(Coralliumrubrum);用于医学的物种,例如比利牛斯洋甘菊(Achilleaptarmicasubsp.pyrenaica)或具有经济价值的物种,例如珍珠剃刀鱼(Xyrichtysnovacula)。
首批测序的基因组之一是巴利阿里海燕(Puffinusmauretanicus)的基因组,它是巴利阿里群岛特有的一种海鸟,根据国际自然保护联盟(IUCN)的说法,它处于极度濒危状态,尤其是由于延绳钓渔船的意外捕获。
布法罗大学生物学院和布法罗大学生物多样性研究所(IRBio)的MartaRiutort教授和JulioRozas教授协调了这项研究,以破译这一保护参考基因组。
“有了完整的基因组,我们就能更好地评估巴利阿里海燕种群的真实状况,”Riutort说道。“这也为我们开发一种有助于保护这些海燕的工具开辟了道路,而且这种工具已经引起了相关团体的兴趣,”Rozas补充道。
应对生物多样性基因组学的挑战
近150名来自UB、CRG、IBE-UPF-CSIC、ICREA、CNAG、ICTA-UAB、BSC-CNS、CRAG、ICBIBE、CSIC-UIB和IBB等机构的专家参与了该项目。大多数基因组在位于巴塞罗那科学园(PCB)的国家基因组分析中心(CNAG)进行测序,结果可在PBC网站上查阅。
“得益于DNA测序技术和分析程序的进步,我们能够以几年前无法想象的速度获取高质量的动物和植物物种参考基因组,”CNAG基因组组装和注释小组负责人专家TylerAlioto说。
“分析测序数据以形成基因组相当于解密一个有数百万块的拼图。开发强大的计算工具是必要的。”
共享资源,保护全球生物多样性
现在发表的文章强调了该地区丰富的生物多样性,这些地区在历史上有着深厚的文化传统,这主要体现在加泰罗尼亚语的使用上。因此,PBC于2019年由加泰罗尼亚生物学会(SCB)发起,这要归功于佛朗哥政权时期躲藏实体的主席LeandreCervera(1891-1964)的遗产,并得到了加泰罗尼亚自然历史研究所(ICHN)和加泰罗尼亚研究所(IEC)的初步支持。
对于作者来说,这篇论文也是让他们的研究更贴近所有公民的一种方式,而最终资助这项研究活动的正是公民。作为一项面向全社会、呼吁共享文化和语言遗产的倡议的一部分,这一点尤为重要。
自2024年6月起,管理该项目活动的协调小组(每四年更新一次)由MartaRiutort(UB-IRBio)和JavierdelCampo(进化生物学研究所-IBE)领导。
在加泰罗尼亚语地区之外,PBC希望成为全球变革运动的一部分,以提高社会对生物多样性丧失对人类福祉造成的威胁的认识,促进世界各地与自然建立不同的、更加平衡的关系。
MontserratCorominas和RodericGuigó最后总结道:“我们的愿望是,当这个国际项目结束时,我们可以说,我们国家做出了重大贡献。”
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