筑波大学的研究人员开发了一种新模型，可以模拟核糖体(细胞中蛋白质合成的场所)的内部环境。他们利用计算机模拟分析了该模型中各种蛋白质的结构。他们的研究结果表明，核糖体通道(新合成的蛋白质通过该通道)的化学性质在翻译过程中蛋白质结构的形成中起着至关重要的作用。

蛋白质由核糖体合成，随后通过称为核糖体隧道的管状通道释放。最近的研究表明，一些蛋白质在核糖体隧道内开始形成具有重要功能的三维(3D)结构。然而，这一过程背后的确切机制仍不太清楚。

为了解决这些问题，筑波大学的研究人员对迄今为止报道的核糖体隧道的三维结构进行了全面分析。该研究发表在《化学信息与建模杂志》上。

基于这项研究，他们开发了一种圆柱形模型，称为核糖体环境模拟模型(REMM)，该模型复制了核糖体通道的内径和化学性质——核糖体的关键特征。

为了进行比较，他们还制作了传统的碳纳米管(CNT)模型——一种仅由碳原子组成的管状分子——它仅复制了隧道的内径而忽略了其化学性质。

随后，该团队利用分子动力学模拟来检查这些模型中的蛋白质结构。结果表明，REMM比CNT更准确地再现了核糖体隧道中实验观察到的蛋白质结构。

此外，REMM的化学多样性被认为是其具有出色复制实验蛋白质结构能力的关键因素。REMM的进一步完善有望增强我们对活细胞中蛋白质构象的理解。

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