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杜克大学-新加坡国立大学医学院的科学家及其合作者发现了几种以前未知的猪流感病毒株,这些病毒株在过去15年中一直在柬埔寨猪群中未被注意到地传播,可能构成大流行风险。这些毒株包括由人类传染给猪的病毒,以及一些带有源自北美的基因的病毒。
这篇发表在《美国国家科学院院刊》(PNAS)杂志上的论文提出了系统监测的理由,以尽早发现新的病毒株并发出警告,以防止未来的流行病。
这项研究由来自新发传染病(EID)项目的科学家YvonneSu、GavinSmith和MichaelZeller领导,确定了在猪体内共同传播的基因多样化的A型流感病毒库。
研究人员指出,猪是流感病毒在动物和人类之间出现和潜在传播的关键媒介,因为它们为禽类、猪和人类宿主之间的基因片段改组提供了合适的环境,最终产生新病毒。过去50年来,随着猪肉产量急剧增加,国际贸易和流动进一步放大了风险。
“不同谱系的长期进化导致了基因独特的病毒的建立,这些病毒几十年来一直在猪群中持续传播而未被发现。我们的研究揭示了东南亚猪流感病毒进化的隐藏而复杂的基因组景观,标志着该研究的资深通讯作者、杜克大学-新加坡国立大学副教授YvonneSu说:“该地区是病毒多样性和新病毒出现风险的热点地区。”
在这项研究中,杜克大学-新加坡国立大学的苏副教授和她的同事与多个机构的同行合作,包括金边国家动物健康和生产研究所以及伦敦卫生与热带医学学院。
2020年3月至2022年7月,他们对柬埔寨18家生猪屠宰场进行了猪流感监测。他们从四个省不同地区的生猪身上采集了4089份鼻拭子。其中,72头猪(约占猪的2%)甲型流感病毒检测呈阳性。
科学家们确定了九个不同的甲型猪流感病毒组,其中至少有七个组在2至15年内未被检测到。
其中包括多个H3谱系,这些谱系已由人类传给猪,已在未检测到的情况下传播了大约10年;以及H1N1亚型,该亚型占主导地位,可能源自2009年大流行期间的人类起源。在干丹省、金边省和茶雄省的猪身上检测到两种季节性病毒,很可能源自泰国。
研究小组还在柬埔寨分离出一种带有北美基因的新猪欧洲H1N2变种(最初来自鸟类)。虽然他们是第一个检测到这种变异的人,但他们的基因组分析表明该变异自2014年以来一直在该地区的猪中传播,这凸显了加强监测的必要性。
通过更深入地研究病毒跨越地理边界的传播,科学家们发现欧洲猪流感病毒在2000年代初期零星地传入中国中南部和东南亚。
基因证据表明,自2010年左右以来,中国中南部一直是该地区类似欧洲猪流感病毒传播的主要来源,随后病毒在中国和柬埔寨等东南亚国家更广泛地传播。
“虽然猪流感病毒通常在猪中引起轻微症状,但它们对人类构成大流行威胁,因为人类可能缺乏免疫力或对新的猪流感病毒株的保护不足。因此,系统监测对于早期发现和预警至关重要新的亚型或菌株,”EID项目主任、该研究的作者之一加文·史密斯教授说。
需要进一步的研究来了解新病毒的大流行威胁,包括它们如何与人类病毒反应以及它们传播的容易程度。为此,该团队目前正在开发一个可以识别主要猪流感基因亚型的平台。
筛查不仅限于猪和人类亚型,还包括禽类序列。通过设置,他们将能够评估猪和人类是否感染了流感亚型。
杜克大学-新加坡国立大学研究部高级副院长PatrickTan教授表示:“常规和持续的监测对于识别新病毒至关重要,以便评估其传播风险。因此,将更有效和持续的监测方法与自动化分析工具可快速提供有关人类和动物病原体变化的信息。”
“杜克大学-新加坡国立大学团队正在开发的这样一个系统将通过选择有效的疫苗来改善动物健康,并通过监测具有传播潜力的病毒来帮助人类健康。”
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