传统的发酵乳是通过接种技术生产的，该技术选择了代代相传的适应性强的微生物。很少有报道使用天然发酵乳作为模型生态系统来研究物种内微生物多样性的形成机制。

在一项新研究中，内蒙古农业大学张和平教授和刘文军教授领导的研究人员从来自12个地区的12种独立的天然发酵乳中分离出总共717株乳酸菌，并进行了全基因组测序。横跨五个国家。该研究发表在《科学通报》杂志上。

研究人员进一步分析了214种瑞士乳杆菌分离株、97种乳酸乳球菌亚种的样本内种内系统发育。乳酸菌分离株和325德氏乳杆菌亚种。保加利亚分离株。研究小组观察到样本内/样本间存在高度的种内基因组和功能基因多样性。基于单核苷酸多态性的系统发育重建揭示了样本内巨大的种内异质性，是从多个谱系进化而来的。

进一步的系统发育重建(存在-不存在基因谱)揭示了所有三个研究物种/亚种的样本内进化枝功能多样性(基于碳水化合物活性酶和肽酶编码基因)。

通过识别三个物种/亚种样本内进化枝的进化枝特异性基因并将其映射到各自的发酵乳宏基因组，研究小组发现了广泛的潜在物种间/物种内水平基因转移事件。

样品的微生物组成与各个物种/亚种的核苷酸多样性密切相关。总体而言，该团队的成果有助于保护乳酸菌资源，为自然发酵乳制品的微生物生态系统提供生态学见解。

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