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使用开源Python框架Marimba扩大海洋研究图像的影响力

开心的月饼 2024-11-02 08:52:01 健康养生

全身心投入一个项目时,并不总是容易看到全局。创新往往需要退后一步来评估我们如何才能真正扩大科学的影响力。

使用开源Python框架Marimba扩大海洋研究图像的影响力

克里斯·杰基特(ChrisJackett)和他在可持续海洋未来计划中的同事专注于推进海洋生物多样性研究。他们收集并处理大量海洋图像数据集。他们希望最大限度地发挥研究成果的影响力,并提高科学界的可及性,这促使他们创建了Marimba。

效率与协作的交响曲

Marimba是与蒙特利湾水族馆研究所(MBARI)合作设计的Python框架。它简化了科学图像数据集的结构、管理和处理,同时遵守全球公认的FAIR原则。这是一套旨在使数据“可查找、可访问、可互操作和可重复使用”的标准。

杰基特说:“在浩瀚的科学数据海洋中,寻找、获取和利用海洋图像一直是全球研究人员面临的挑战。”

“数据格式多样,图像量迅速增加,工作流程不一致。由于没有可用的系统能够高效处理和打包我们的科学海洋图像数据集,同时又符合FAIR原则,所以我们自己构建了一个。”

马林巴琴的主要特点和影响

杰基特说:“马林巴可以帮助任何从事科学工作的人处理图像并从中获取数据。”

“图像来源并不重要——无论是佳能DSLR还是GoPro系统。它甚至可以用于更专业的仪器,如成像流式细胞仪。”

马林巴琴的设计旨在满足三个核心需求。

标准化

它为管理FAIR图像数据集的整个工作流程(包括导入、处理、打包和分发)提供了标准化的结构和环境。

灵活性

Marimba具有高度可定制性,可以适应科学研究中使用的各种成像仪器的多样化要求。

加工

它可以自动执行常见和重复的任务,同时提供强大的内置图像处理功能,大大加快研究工作流程。

Marimba的全球发布

杰基特(Jackett)最近在第五届2024年海洋成像研讨会上向全球科学家和工程师展示了Marimba的功能。

杰基特说:“此次发布对Marimba来说是一个重要的里程碑,它为研究人员提供了一个强大的工具来提高他们的工作效率并更有效地协作。”

“它有可能改变我们理解和保护海洋的方式——使我们能够获得更深入的见解,加速研究并促进国际合作,从而推动未来的海洋保护和资源管理战略。

“通过将Marimba设计为开源工具,CSIRO确保它能够不断发展、改进,并有可能被许多不同研究领域的科学家使用,并扩大其影响力。

“这与在高影响力期刊上发表科学论文的影响不同,但开发这些创新解决方案对于CSIRO内部和更广泛的科学界的研究人员来说都至关重要。”


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