“香草”(XQC，BrassicaVarietychinensis)是白菜亚种chinensis，是十字花科中重要的蔬菜作物，以其强烈的挥发性香味而闻名。尽管在了解芸苔属物种的基因组方面取得了重大进展，包括发现全基因组三倍体事件，但XQC的基因组仍未得到探索。

2023年9月，园艺研究发表题为“白菜‘香青菜’基因组的高质量测序及基因组进化和挥发性香气相关基因探索”的研究成果。

在本研究中，利用PacBioHiFi、Illumina和Hi-C技术的组合对香青菜(XQC)的基因组进行了测序，提供了详细的基因组图谱，以探索芸苔属中的香味合成。组装过程产生了150.73Gb的基因组数据，产生了约466.10Mb的高质量组装基因组，具有显着的重叠群和支架N50大小，证明了组装的准确性和完整性。

这个广泛的数据集有助于将92.47%的序列映射到10个XQC染色体，并实现超过99.75%的读取映射率，强调了基因组的全面覆盖。基因组注释揭示了基因组的很大一部分(59.50%)是重复序列，详细的基因预测识别出47,570个基因，其中99.57%是根据主要数据库进行注释的。

该研究分析了XQC和相关物种的基因家族，揭示了49,906个基因家族，特别关注XQC特有的基因家族。分歧时间估计表明与白菜QGC和小白菜有密切的关系和同线性，精确地确定了1.1-140万年前的分歧时间框架。

通过Ks值分析对多倍化事件的探索表明发生了四个显着的多倍化事件，包括最近的全基因组三倍化。同线性和全局比对分析提供了对多倍化后基因丢失和保留的见解，增强了我们对XQC基因组进化的理解。

此外，该研究还确定了参与萜类生物合成途径的基因，对挥发性香气的形成至关重要，并强调了TPS基因家族的进化，该基因家族在萜类生物合成中发挥着至关重要的作用。

综上所述，该分析不仅建立了XQC的染色体水平基因组，而且为未来白菜基因组研究奠定了基础，为理解十字花科香料合成背后的分子机制和调控网络提供了丰富的资源。

版权说明：本站所有作品图文均由用户自行上传分享，仅供网友学习交流。若您的权利被侵害，请联系我们

标签：