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中国科学院(CAS)合肥物质科学研究院的一个研究团队开发了一个名为CRISPRImmunity的分析服务平台,该平台是一个交互式网络服务器,用于识别与CRISPR和基因组编辑系统调控因子相关的重要分子事件。该研究发表在《核酸研究》上。
新的CRISPRImmunity平台专为CRISPR-Cas和抗CRISPR系统的综合分析和预测而设计。它包括带有已知抗CRISPR蛋白、抗CRISPR相关蛋白、II类CRISPR-Cas系统、CRISPR阵列类型、HTH结构域和移动遗传元件注释的定制数据库。这些资源允许研究CRISPR-Cas和抗CRISPR系统共同进化中的分子事件。
为了提高预测准确性,研究人员在原噬菌体区域使用同源分析、关联分析和自我靶向等策略来预测抗CRISPR蛋白。当对来自99个经过实验验证的Acrs和676个非Acrs的数据进行测试时,CRISPRimmunity的抗CRISPR蛋白预测准确度达到0.997。
此外,该平台还为II类CRISPR-Cas系统提供了第一个从头算预测算法,识别了几种以前未知的蛋白质。其中包括四个具有不同PAM结构域的Cas9、一个较小的Cpf1、61个C2c10和三个未分类的新型V型Cas蛋白。其中一些蛋白质已经通过体外活性实验验证。
据该团队称,CRISPRimmunity具有许多优势。它是一个易于使用的网络服务器,为CRISPR相关研究提供了一个综合分析平台。它准确预测抗CRISPR蛋白并识别新的II类CRISPR-Cas位点,提供CRISPR-Cas和抗CRISPR系统的进化视角。与仅关注特定领域的其他资源不同,CRISPRimmunity通过提供识别新型II类CRISPR-Cas系统的方法填补了空白。
用户友好的界面提供各种可视化和自定义选项,为所有级别的用户提供机器可读的结果和教程。NCBI数据库提供对18,408种完全测序和235种含Acr细菌和208,209种人类肠道微生物的注释数据的访问,包括关键CRISPR相关分子事件的信息。
用户可以下载或查看此数据以帮助未来的实验设计和数据分析。同样对于计算生物学家,Github上提供了独立版本的CRISPRImmunity,用于批量数据挖掘。
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