史密森尼鸟类友好咖啡项目的最新研究强调了一种经常被忽视的生物多样性：土壤细菌和真菌群落。二十多年来，史密森尼的研究表明，有遮荫树的咖啡农场比单一种植的咖啡农场保护了更多的生物多样性。

这项新研究表明，咖啡农场的土壤细菌和真菌也会对咖啡农场管理强度做出反应，该研究发表在《应用土壤生态学》上。

为了开展这项研究，研究小组收集了哥伦比亚、萨尔瓦多和秘鲁咖啡农场的土壤样本，并使用 DNA 分析对采用不同管理制度的农场的细菌和真菌土壤进行分析。他们发现，单一种植咖啡会改变土壤微生物群落的群落组成和物种多样性。但并非所有遮荫种植的咖啡农场都是一样的。

种植本土遮荫树的农场的土壤微生物群落与种植非本土、外来遮荫树的农场的土壤微生物群落也不同。人们对热带地区的土壤微生物群落了解甚少，这项研究表明拉丁美洲热带农业景观的土壤具有惊人的多样性。

这项研究还进一步加深了我们对咖啡农场管理决策如何影响整个农业生态系统的理解，进而影响咖啡的生产和依赖咖啡的生计。随着全球生物多样性以惊人的速度下降，农业景观可以在保护独特物种和生态过程方面发挥重要作用，从而使农业蓬勃发展。

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