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西奈山伊坎医学院和加州大学圣地亚哥分校的科学家获得了850万美元的资助,用于创建一个数据集成中心,旨在在NIH共同基金支持的计划内加速疾病的新疗法和治愈。
NIH创建了共同基金数据生态系统(CFDE)计划,以增强NIH共同基金计划生成的数据的可查找性、可访问性、互操作性和可重用性,以确保遵守科学数据的FAIR指导原则。伊坎西奈山发言人表示,研究人员可以有效地探索NIH共同基金产生的数据集,以促进新的生物医学发现,并使科学家能够搜索共同基金产生的数据集,提出复杂的科学和临床问题,以促进新的生物医学发现。
基于CFDE计划试点阶段的成功,NIH五年投资1700万美元,建立了两个新中心:CFDE数据资源中心和CFDE知识中心。来自伊坎西奈山大学和加州大学圣地亚哥分校的研究人员被选为CFDE数据资源中心的领导者,来自麻省理工学院和哈佛大学博德研究所的研究人员被授予CFDE知识中心。
CFDE数据资源中心的首席研究员AviMa'ayan博士表示:“通过整合来自各种组学技术的数据,并通过人工智能和机器学习使这些数据集易于分析和可视化,可以出现许多发现。”西奈山生物信息学中心主任、药理科学、人工智能和人类健康教授。“我们很高兴NIH认可了我们过去对CFDE、基于细胞的集成特征库(LINCS)以及阐明药物基因组(IDG)共同基金项目的贡献,并相信我们能够领导这项新的努力。”
独特的机会
“这是一个独特的机会,使生物医学研究人员能够通过充分利用美国国立卫生研究院在NIH共同基金的支持下进行的巨额投资所产生的数据来做出创新发现,”该项目的首席研究员补充道。CFDE数据资源中心,ShankarSubramaniam博士。Subramaniam是加州大学圣地亚哥分校生物工程和系统生物学琼和欧文捐赠主席。Subramaniam是NIH共同基金代谢组学项目的PI。
Ma'ayan指出,目前,大多数共同基金数据集分散在不同的数据门户中,由于缺乏标准化的社区实践和共享数据处理协议,导致利用率不足。他补充说,通过实现跨共同基金数据的无缝发现、统一处理数据以及更好地组合来自不同项目的数据,研究人员预计会出现协同发现。
Ma'ayan继续说道,通过与共同基金数据协调中心合作,数据资源中心和知识中心预计将为整个生物医学研究领域提供非常有价值的计算资源。
“举个例子,通过整合来自共同基金MoTRPAC计划的运动引起的基因表达变化、来自GTEx共同基金计划的组织表达数据以及来自LINCS共同基金计划的药物反应数据,我们可以发现新的候选药物和潜在的治疗方法肌肉萎缩症的目标,”他说。
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