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从历史上看,美国人类遗传学学会(ASHG)会议的焦点一直是基因组。然而,今年,蛋白质组引起了很多关注。事实上,过去二十年致力于蛋白质组学工具的SomaLogic公司选择ASHG来宣布推出更高复杂度的蛋白质组学平台,该平台可提供11,000种总蛋白质测量。
为什么要在人类遗传学会议上推出蛋白质组学工具?SomaLogic首席研发官ShaneBowen博士告诉GEN,“虽然ASHG通常专注于遗传学,但蛋白质组学将把我们带到下一个水平。”在Illumina工作了十多年的他看来,“解锁基因组的力量与通过读取所有DNA所发生的事情之间存在着一点差距。”他说,可行的结果尚未交付。而且,由于治疗方法是针对蛋白质(蛋白质占所有已知药物靶标的90%以上)而开发的,因此更多的蛋白质组数据与基因组数据一起将允许可操作性。
SomaLogic基于适配体的SomaScan检测能够在一次测试中评估7k抗原的表达。但SomaLogic首席执行官AdamTaich指出,三年前7k发布后,该公司就开始致力于增加数量。他认为“数字高是最关键的”。他补充道,他们看到了基因组学和蛋白质组学的巨大融合,以及拥有“大量基因组数据并希望将其提升到新水平”的客户。
该公司声称,他们的方法(使用被称为SOMAmers的适体)能够比多克隆抗体方法测量更多的蛋白质,并且具有更高的特异性。部分原因是SOMAmer是针对特定蛋白质而设计的。新的高复合平台应该可以帮助研究人员发现转化医学的生物标志物和药物靶点。Bowen解释说,当能够同时研究如此多不同的蛋白质时,系统水平的影响就会变得明显。
公司是如何从7k跃升至11k的?泰奇通过他们的化学反应解释了这一点。SOMAmer的产生过程被命名为“SELEX”(指数富集的配体系统进化),1990年《科学》论文“指数富集的配体系统进化:噬菌体T4DNA聚合酶的RNA配体”中对此进行了描述。”使用公司赖以建立的技术SELEX流程,SomaLogic团队能够将适体的数量扩展到11,000个。
SomaLogic位于科罗拉多州博尔德的检测实验室已经在运行SomaScan11K平台(每个样本的成本为950.00美元)。此外,选定的授权站点正在运行扩展的平台,新站点预计将在第四季度上线。SomaLogic在全球的授权站点将于2023年底至2024年开始提供扩展平台。此外,使用Illumina测序仪读取SomaScan的抢先体验计划将于2024年初启动。SomaLogic于2020年宣布与Illumina建立共同独家合作伙伴关系。2021年。
“我们的最终目标是测量整个蛋白质组,以便识别最具体的生物标志物,并更深入地了解人类疾病背后或与治疗反应相关的病理生理机制。在11K检测中额外测量3,500种蛋白质预计将提供我们以前无法测量的新生物标志物,这有助于开发更准确的诊断方法,”贝斯以色列女执事医疗中心基因组学、蛋白质组学主任TowiaLibermann博士说道、生物信息学和系统生物学中心以及DF/HCC癌症蛋白质组学核心,自2015年以来一直运行SomaScan检测。
如果您本周参加ASHG,SomaLogic将在会议上主持两场演讲。第一个时间是11月3日星期五下午4:30-5,JeffHarford将介绍新的SomaScan检测。第二场演讲将于11月4日星期六中午12点至下午1点进行,主题为结合蛋白质组学和基因组数据以改进COPD的预测模型。主讲人为RussellP.Bowler(医学博士、哲学博士)、精准医学项目主任、慢性阻塞性肺病诊所主任、科罗拉多州丹佛市国家犹太健康中心医学部肺科医学教授和DavidP.Asling,全球支持生物信息学经理,全球科学参与,SomaLogic。
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